• English
  • Polish



Zawartość


Bożena Turowska*, Marek Sanak**, Barbara Opolska-Bogusz*

Wstępne badanie populacji Polski Południowej w zakresie 10 STR loci z zestawu AmpFISTR SGM Plus

Allele frequencies of 10 STR loci from the AmpFISTR SGM Plus in the South Polish population. Preliminary study

* Z Katedry i Zakładu Medycyny Sądowej CM UJ w Krakowie

Kierownik: dr hab. F. Trela - profesor UJ

** Z Katedry Chorób Wewnętrznych CM UJ w Krakowie

Kierownik: prof. dr hab. A. Szczeklik

W pracy przedstawiono wyniki badań częstości alleli 10 loci typu STR uzyskane przy zastosowaniu zestawu AmpFISTR SGM Plus firmy AB Applied Biosystems. Wyizolowane DNA ze 136 próbek krwi amplifikowano metodą PCR a produkty amplifikacji identyfikowano przy zastosowaniu elektroforezy płytowej na automatycznym sekwenatorze ABI Prism 377. We wszystkich loci stwierdzono zgodność z równaniem Hardy'ego-Weinberga. Stwierdzono bardzo dużą przydatność zestawu SMP Plus do badań z zakresu medycyny sądowej.
This paper presents the allele frequencies for the 10 STR loci included in the AmpFISTR SGM Plus kit (AB Applied Biosystems, USA). DNA isolated from 136 blood samples, were amplified by the use of the PCR method. Electrophoresis was carried using an automated DNA sequencer - model ABI Prism 377. Distribution of allele frequencies indicated no deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium. High discrimination power the SGM Plus kit is highly useful for forensic medicine.
Słowa kluczowe: multiplex PCR, STR, badania populacyjne
Keywords: multiplex PCR, STR, population data

Oznaczanie sekwencji DNA - STR znalazło między innymi zastosowanie w medycynie sądowej. Stosowanie zestawów multiplexowych przy metodzie PCR pozwala na jednoczesne określenie alleli w kilku systemach STR. Dlatego ten metodyczny postęp znalazł natychmiastowe zastosowanie przy badaniach śladów biologicznych i w dochodzeniu spornego ojcostwa.

W pracy przedstawiono wyniki badań częstości alleli 10 loci typu STR przy zastosowani zestawu AmpFISTR SGM plus firmy AB Applied Biosystems w populacji Polski Południowej. Zestaw ten obejmuje następujące loci: D3S1358, vWA, D16S539, D2S1338, D8S1179, D21S11, D18S51, D19S433, TH01, FGA oraz marker płci - locus amelogeniny.

Materiał i metodyka

Materiałem badawczym było 136 próbek płynnej krwi pobranej na EDTA od kobiet i mężczyzn zgłaszających się do Zakładu Medycyny Sądowej CMUJ z rejonu Polski Południowej w sprawach o ustalenie ojcostwa. DNA izolowano metodą nieenzymatyczną (2). Stężenie DNA określano spektrofotometrycznie. Amplifikację przygotowanych próbek DNA dla loci zawartych w zestawie AmpFISTR SGM plus firmy AB Applied Biosystems wykonano zgodnie z podanymi warunkami przez producenta. Frakcjonowanie systemów wchodzących w skład multiplexu przeprowadzono z wykorzystaniem automatycznego sekwenatora ABI Prism 377. Ocenę długości fragmentów DNA i genotypowania przeprowadzono z wykorzystaniem programu komputerowego ABI Prism Grenotyper 2.5 oceniającego długości badanych fragmentów DNA i przyporządkowującego im nazwy na podstawie porównania z drabinami allelicznymi.

Parametry statystyczne obliczono jak podano w poprzedniej pracy (4).

Wyniki i omówienie

W tabeli I na podstawie badania 136 osób, kobiet i mężczyzn zamieszkujących Polskę Południową przedstawiono częstości alleli dla 10 loci, obecnych w zestawie SGM Plus. Liczba wykrywanych alleli w poszczególnych loci była różna. Najmniejszą liczbę wykazano w locus TH01 (6 alleli), największą w loci S21S11 (14 alleli). Nie stwierdzono odchyleń od prawa Hardy-Weinberga. Dla populacji Polski Południowej stwierdzono najbardziej polimorficzne loci D21S11, D18S51, FGA i D2S1338.

Uzyskane częstości alleli w poszczególnych loci badane przy użyciu zestawu SGM Plus - jakkolwiek na małej próbce populacyjnej (tylko 136 osób) są podobne do tych jakie uzyskali Drobnic i in. (1) którzy badali populację ze Słoweni i stosowali ten sam zestaw do amplifikacji, jak również zbliżone do wyników, jakie uzyskał Pawłowski i in. (3) używając zestawu Profiler Plus.

W tabeli II podano informacje o parametrach statystycznych w aspekcie przydatności badanych loci dla medycyny sądowej. Otrzymane wartości statystyczne wskazują na bardzo dużą przydatność wysoce polimorficznych loci przy rozwiązywaniu różnych problemów z zakresu badań genetycznych. Przydatność jest tym większa, że jednorazowe badanie obejmuje 10 loci i tym samym w zasadniczy sposób skraca czas oczekiwania na wyniki a odczyt jest automatyczny, przy użyciu laserowego sekwenatora.

Tabela I. Częstości alleli dla AmpFISTR SGM Plus loci w populacji Polski Południowej

Table I. Allele frequencies for AmpFISTR SGM Plus loci in a South Polish population

Allele

D16S539

D2S1338

D3S1358

vWA

D18S51

D21S11

D8S1179

D19S433

FGA

TH01

6

-

-

-

-

-

-

-

-

-

0.217

7

-

-

-

-

-

-

-

-

-

0.125

8

0.007

-

-

-

-

-

0.011

-

-

0.118

9

0.088

-

-

-

-

-

0.011

0.004

-

0.173

9.3

-

-

-

-

-

-

-

-

-

0.349

10

0.037

-

-

-

0.011

-

0.063

-

-

0.018

11

0.290

-

0.004

-

0.015

-

0.074

-

-

-

12

0.346

-

-

-

0.099

-

0.195

0.103

-

-

12.2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

13

0.191

-

-

-

0.103

-

0.327

0.191

-

-

13.2

-

-

-

-

-

-

-

0.011

-

-

14

0.037

-

0.158

0.114

0.140

-

0.154

0.353

-

-

14.2

-

-

-

-

-

-

-

0.029

-

-

15

0.004

0.004

0.272

0.125

0.165

-

0.118

0.176

-

-

15.2

-

-

-

-

-

-

-

0.048

-

-

16

-

0.037

0.250

0.158

0.169

-

0.048

0.070

-

-

16.2

-

-

-

-

-

-

-

0.011

-

-

17

-

0.221

0.173

0.268

0.154

-

-

0.004

-

-

17.2

-

-

-

-

-

-

-

0.004

-

-

18

-

0.096

0.129

0.239

0.066

-

-

-

0.015

-

19

-

0.110

0.015

0.088

0.037

-

-

-

0.107

-

20

-

0.147

-

0.007

0.029

-

-

-

0.140

-

20.2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

--

21

 

0.037

-

-

0.007

-

-

-

0.165

-

21.2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

22

-

0.015

-

-

0.004

-

-

-

0.173

 

22.2

-

-

-

-

-

-

-

-

0.011

-

23

-

0.103

-

-

-

-

-

-

0.129

-

23.2

-

-

-

-

-

0.004

-

-

0.015

-

24

-

0.103

-

-

-

-

-

-

0.103

-

24.2

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

25

-

0.114

-

-

-

0.004

-

-

0.085

-

26

-

0.011

-

-

-

0.004

-

-

0.037

-

27

-

0.004

-

-

-

0.037

-

-

0.015

-

28

-

 

-

-

-

0.169

-

-

0.007

-

29

-

 

-

-

-

0.202

-

-

-

-

29.2

     

-

-

-

-

-

-

-

30

-

 

-

-

-

0.239

-

-

-

-

30.2

-

 

-

-

-

0.081

-

-

-

-

31

-

 

-

-

-

0.044

-

-

-

-

31.2

-

 

-

-

-

0.085

-

-

-

-

32

-

 

-

-

-

0.011

-

-

-

-

32.2

-

 

-

-

-

0.107

-

-

-

-

33.2

-

 

-

-

-

0.011

-

-

-

-

34.2

-

 

-

-

-

0.004

-

-

-

-

Tabela II. Statystyczne parametry przydatności 10 badanych loci w medycynie sądowej

Table II. Statistical parameters of the usefulness of 10 loci in forensic medicine

 

System

 

PM

ME

PE

DP

He

Ho

D3S1358

0.3521

0.5334

0.6307

0.9245

0.794769

0.838235

vWA

0.3550

0.5653

0.6599

0.9369

0.812405

0.794118

D16S539

0.3478

0.4811

0.5718

0.8969

0.751872

0.727941

D2S1338

0.3616

0.6837

0.7622

0.9703

0.874376

0.838235

D8S1179

0.3551

0.5750

0.6593

0.9380

0.808417

0.852941

D21S11

0.3595

0.6350

0.7187

0.9578

0.847867

0.830882

D18S51

0.3612

0.6851

0.7646

0.9706

0.876438

0.875000

D19S433

0.3527

0.5512

0.6357

0.9288

0.791757

0.801471

TH01

0.3500

0.5140

0.6039

0.9138

0.774148

0.801471

FGA

0.3615

0.6897

0.7683

0.9715

0.878636

0.860294

Razem

Total

0.987664641

0.999889940

0.999990354

1.000000000

0.821068

0.822059

Piśmiennictwo

1. Drobnic K., Regent A., Budowle B.: STR data for the AmpFISTR SGM plus from Slovenia. Forensic Sci. Inter.2001, 115, 107-109 -2. Lahiri D.K., Bye S., Numberger J.I., Hodes M.E., Crisp M.: A non-organic and non-enzymatic extraction method gives higher yields of genomic DNA from whole blood samples than do nine other methods tested. J. Biochem.Biophys.Methods.1992, 25, 193-205 -3. Pawłowski R., Dettlaff-Kąkol A., Jezierski G., Maciejewska A., Paszkowska R., Reichert M.: Genetyka populacyjna dziewięciu loci typu STR z zestawu Profiler Plus w próbce populacyjnej z obszaru Polski. Arch. Med. Sąd. Krym., 2000, L, 207-213 -4. Turowska B., Sanak M., Opolska-Bogusz B.: Częstość alleli układów STR: LPL, F13B i HPRTB w populacji Polski Południowej. Arch. Med. Sąd. Krym., 1999, 49, 149-152

 

Adres pierwszego autora:

Katedra Medycyny Sądowej CM UJ

ul. Grzegórzecka 16

30-531 Kraków

 

 
designed by PixelThemes.com